Entretanto, o desenvolvimento da Química Orgânica era prejudicado pela crença de que, somente a partir dos organismo vivos - animais e vegetais - era possível extrair substâncias orgânicas. Tratava-se de uma teoria, conhecida pelo nome de "Teoria da Força Vital", formulada por Jöns Jacob Berzelius, que afirmava: "a força vital é inerente da célula viva e o homem não poderá criá-la em laboratório."
Em 1828, após várias tentativas, um dos discipulos de Berzelius, mais precisamente Friedrich Wöhler, conseguiu por acaso obter uma substância encontrada na urina e no sangue, conhecida pelo nome de ureia. Estando no laboratório, Wöhler aqueceu o composto mineral "cianato de amónio" e obteve a "ureia", composto orgânico, derrubando assim, a Teoria da Força Vital.
Após o êxito desta experiência vários cientistas voltaram ao laboratório para obter outras substâncias orgânicas e verificaram que o elemento fundamental era o carbono.
Em 1858 Friedrich A. Kekulé definiu a Química Orgânica como sendo a parte da química dos compostos do carbono.
Nos dias de hoje, são conhecidos milhões de compostos orgânicos e diariamente, devido às pesquisas para a obtenção de novas substâncias, o número de compostos orgânicos aumenta consideravelmente.